Segons han explicat els responsables del centre, les obres de rehabilitació que s’estan fent a l’edifici de les Drassanes Reials des de 2010 han fet rebaixar-ne el subsòl. Això ha deixat al descobert unes restes arquitectòniques que han permès datar correctament l’origen de l’edifici. Ja sospitaven que l’estructura original havia estat construïda al segle XIII, però no se sabia amb exactitud que 100 anys després es va construir un nou recinte dins l’existent. Tampoc que al segle XVI es va enderrocar la drassana medieval per construir-hi l’edifici actual.

També s’hi ha trobat part d’una necròpolis romana. És la primera d’aquestes característiques a Barcelona. Va funcionar durant cinc segles i s’hi han localitzat 36 enterraments, entre urnes i fosses.

Les obres de reforma de les Drassanes Reials finalitzaran a finals de 2012. Es preveu que el 2014 el nou Museu Marítim obrirà portes al públic amb un nou projecte museístic.