Guillén, retirat dels escenaris el 2008, va començar la seva carrera artística el 1952. Primer, va actuar al Teatre Espanyol  Universitari, on va coincidir amb Adolfo Marsillach i Agustín González, de la seva mateixa generació. I posteriorment, en les companyies de Fernando Fernán Gómez i la que va formar amb la seva dona, Gemma Cuervo, amb la qual va tenir dos fills, els també actors Cayetana i Fernando Guillén-Cuervo. Fernando Guillén va tenir molta presència en sèries de televisió, com ‘La saga dels Rius’ o la més recent ‘Motivos personales’, i va actuar en pel·lícules d’Almodóvar (‘Todo sobre mi madre’), Imanol Uribe i Pilar Miró.