Les excavacions van començar aquí, a la capella del Santíssim. La renovació del paviment va originar la primera descoberta i això va motivar el mossèn a començar una indagació arqueològica. I és precisament en aquest espai on s'ha localitzat la resta més antiga, aquest mur que data del segle primer, de l'època fundacional de l'antiga ciutat romana Bàrcino. Les primeres hipòtesis apunten que es tracta d'un edifici públic de tipus administratiu o comercial. També s'hi ha trobat dues estructures més recents, del segle IV, quan la colònia romana es va remodelar. JOSEP PUJADES, responsable d'Intervencions Arqueològiques del Servei d'Arqueologia de Barcelona "No ens ha de sorprendre trobar romans a la ciutat romana, el que no sabem mai és en quin estat de conservació els trobarem, en aquest cas sembla molt bo, hi ha molta potència arqueològica." En una segona excavació, s'han aixecat algunes de les sepultures de la nau de l'església, a tocar de l'altar. Han deixat al descobert part d'una gran columna de granit de 80 centimetres de diàmetre, que tot fa pensar que pertany a un edifici de culte. ARMAND PUIG, rector de la basílica dels Sants Màrtirs Just i Pastor "La història de Sant Just sembla que podem dir que és una història de culte cristià ininterromput del segle IV fins al segle XXI, i això a Barcelona només hi ha un altre lloc de la ciutat que ho pugui dir, i és la Catedral." També s'ha excavat a la part posterior del deambulatori. Per seguretat, aquest punt s'ha tornat a tapar, però sota hi ha un mur medieval més tardà. L'Ajuntament s'ha compromès a continuar amb les excavacions a l'interior de la basílica, ja que creuen que hi poden trobar més restes que documentin el passat romà de la ciutat.
