Paral·lelament, la Fiscalia Provincial de Barcelona també ha presentat una querella contra els cinc membres que formen la Sindicatura Electoral de Catalunya, l’òrgan designat pel Parlament per fer d’àrbitre a la votació que està format pels juristes i politòlegs Marc Marsal, Jordi Matas, Marta Alsina, Tania Verge i Josep Pagès. Els acusa d’un delicte d’usurpació de funcions públiques, desobediència i malversació de fons públics per haver dut a terme actes d’ordenació, regulació i impuls del referèndum de l’1 d’octubre prohibit pel Tribunal Constitucional. La fiscal, Ana Maria Magaldi, considera que les seves actuacions “una clamorosa manifestació de menyspreu al principi d’autoritat representat pel TC”.
