Juan Carlos Unzué va néixer a Navarra, sortit del planter d’Osasuna, en què va debutar l’any 1986. Allà hi va jugar durant dues temporades. Va ser l’any 1988 quan signaria per al FC Barcelona, com a suplent aleshores d’Andoni Zubizarreta. Sortit de Tajonar, avui encara té molts presents els seus orígens
Sota pals va fer carrera especialment a Sevilla, on hi va ser durant 6 anys, després de Barcelona. Va disputar 222 partits a Primera Divisió. Amb la selecció, Unzué va sumar 35 internacionalitats, tot i que van ser amb les categories inferiors. L’espineta va ser no debutar amb l’absoluta. Tot i això, no es retreu res, sinó tot el contrari
Un cop penjats els guants, els va canviar per les banquetes. La seva primera experiència va ser amb el Barça, l’any 2003, on va ser entrenador de porters de Frank Rijkaard. Allà faria gran, ni més ni menys, que Victor Valdés. De fet, el porter sempre ha tingut una estima especial per Unzué, que també va ser entrenador de porters amb Guardiola a la banqueta.
El salt el faria l’any 2010, quan va agafar la banqueta del Numancia a segona divisió, i posteriorment ho va fer al Mirandés. L’any 2013 s’asseuria a la banqueta del Celta, de segon de Luis Enrique, on començarien una carrera impressionant. Primer a Vigo, i posteriorment amb el Barça, amb qui van tocar el cel de Berlín l’any 2015 amb el triplet. L’any 2017 tornaria a Vigo, on en seria el primer entrenador, i el 2019 ho faria amb el Girona.
